Свою историю Государственное учреждение «Институт экономических исследований» начал в 1959 г. как Отделение экономики промышленности Донецкого Совнархоза, которое было создано для осуществления фундаментальных и прикладных исследований с целью получения новых научных знаний, содействия научно-техническому прогрессу, социально-экономическому и духовному развитию общества, а также для решения важнейших для экономики Донбасса стратегических проблем.
В 1965 году Отделение экономики промышленности Донецкого Совнархоза было передано в Академию Наук УССР как Отделение Института экономики.
3 июля 1969 года Отделение было преобразовано в Институт экономики промышленности АН УССР, с 1994 г. — Институт экономики промышленности НАН Украины.
За время существования Институт экономики промышленности стал одним из крупнейших экономических центров, давшим начало экономическим и правовым школам Донбасса.
В разные годы Институт возглавляли академики: Алымов Александр Николаевич, Мамутов Валентин Карлович, Чумаченко Николай Григорьевич, Амоша Александр Иванович.
Ученые Института принимали участие в разработке и подготовке различных программных документов, к наиболее значимым из которых за последние два десятилетия относятся:
разделы в:
Приказом Министерства образования и науки Донецкой Народной Республики о переименовании и утверждении новой редакции Устава от 27 мая 2015 г. № 203/4 Институт экономики промышленности НАН Украины был переименован в Государственное учреждение «Институт экономических исследований» (далее — ГУ «ИЭИ»).
В июле 2015 года постановлением Совета Министров ДНР №14-5 от 24 июля 2015 года «О переподчинении академических научно-исследовательских институтов Министерству образовании и науки» ГУ «ИЭИ» был передан в ведение Министерства образования и науки Донецкой Народной Республики.
Распоряжением Главы Донецкой Народной Республики от 1 сентября 2017 г. № 269 «Об определении подведомственности Государственного учреждения «Институт экономических исследований» определено, что ГУ «ИЭИ» является подведомственным Совету Министров Донецкой Народной Республики.